Kagaku Ninja-Tai Gatchaman F

پس از آنکه به نظر می‌رسد «لیدر ایکس» در پایان «گاتچامن II» برای همیشه نابود شده است، تکه‌ای از وجود او که زنده مانده، رشد کرده و به موجودی به نام «Z» جهش پیدا می‌کند. Z به همراه کُنت اِگوبوسلر، رئیس خاندان اِگوبوسلر، و دو زیردست او، مِچاندول و کِمپلر، قصد دارد بار دیگر زمین و «تیم نینجای علمی» را نابود کند.

پس از مرگ اندرسون، دکتر نامبو ریاست جدید ISO را بر عهده می‌گیرد، درحالی‌که اعضای تیم اکنون در پایگاه زیرآبی «گالاتاون» (با نام دیگر «جی‌تاون») مستقر شده‌اند. مهندس کامو نیز به داستان اضافه می‌شود و پس از آنکه «نیو گادفینیکس» در اوایل داستان نابود می‌شود، تیم «گاتچاسپارتان» را به‌عنوان ماشین رزمی جدید خود دریافت می‌کند.

«گاتچاسپارتان» حالت ویژه‌ای نیز به نام «هایپرشوت» دارد که تنها کِن می‌تواند از آن استفاده کند؛ آن هم با شمشیر جدیدش، «گاتچافنسر». با پیشرفت داستان مشخص می‌شود که قرار گرفتن مداوم در معرض تشعشعات ناشی از استفاده از «هایپرشوت»، به‌آرامی جان کِن را می‌گیرد و ادامهٔ استفاده از آن سرانجام به مرگ او منجر خواهد شد.

در همین حال، Z نقشه می‌کشد تا با استفاده از یک سیارک پادماده که با نام رمزی «سیب سمی» شناخته می‌شود، زمین را نابود کند.