Qualidea Code

داستان انیمه در دنیایی اتفاق می‌افتد که انسان‌ها همچنان در حال جنگ با دشمنی به نام «آن‌نون» هستند. آن‌نون چندین دهه پیش به زمین حمله کرد و کودکان برای فرار از این تهاجم به خواب سرد فرو رفتند.

وقتی کودکان از خواب بیدار شدند، متوجه شدند که به قدرت‌های ماورایی دست پیدا کرده‌اند. آن‌ها برای محافظت از کشور در برابر آن‌نون، شهرهای دفاعی‌ای در توکیو، کاناگاوا و چیبا ایجاد کردند؛ موجوداتی که از طریق «دروازه‌ی خلیج توکیو» ظاهر می‌شوند.