Yu☆Gi☆Oh!: THE DARK SIDE OF DIMENSIONS

شش ماه پس از وقایع مانگای اصلی «یو-گی-او!» می‌گذرد. یوگی موتو و دوستانش در آخرین سال دبیرستان خود هستند و دربارهٔ آینده و اینکه پس از فارغ‌التحصیلی چه خواهند کرد، صحبت می‌کنند.

در همین حال، ستو کایبا گروهی را مأمور حفاری می‌کند تا «پازل هزاره» را که تکه‌تکه شده و در ویرانه‌های اتاقک هزاره باقی مانده است، پیدا و بازیابی کنند. این شیء پیش‌تر محل نگهداری روح رقیب کایبا، آتم، بوده است و کایبا امیدوار است بتواند او را دوباره زنده کند تا تکلیف رقابتشان را یک‌بار برای همیشه مشخص کنند.

اما حفاری با ظهور مردی مرموز متوقف می‌شود؛ مردی که کایبا را در یک دوئل «دوئل مانسترز» به چالش می‌کشد و سپس دو قطعه از پازل بازیابی‌شده را می‌دزدد.

هدف واقعی او چیست؟ این بار، stakes هیچ‌گاه تا این اندازه بالا نبوده‌اند؛ رقابت‌ها هیچ‌گاه چنین شدید نبوده‌اند و خطرات هیچ‌گاه تا این اندازه بزرگ نبوده‌اند.