Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

جیووانی، رهبر تیم راکت، در منطقه‌ای دورافتاده از جوتو موفق می‌شود میوتو را پیدا کند. جیووانی تلاش می‌کند دوباره میوتو را به دام بیندازد، اما در همین حین، اَش و دوستانش که برای نجات پیکاچو از دست جسی و جیمز تلاش می‌کنند، توسط دومینو، عضو جدید تیم راکت، ربوده می‌شوند.

پوکمون‌های کلون‌شده نیز دستگیر می‌شوند و از آن‌ها به‌عنوان طعمه‌ای برای کشاندن میوتو استفاده می‌شود. در ادامه، ماجرا به رویارویی ارادهٔ میوتو و جیووانی تبدیل می‌شود. میوتو در این میان تلاش می‌کند بفهمد آیا خودش و پوکمون‌های کلون‌شده، با وجود اینکه حاصل آزمایش‌های علمی هستند، هدف و معنایی برای زندگی دارند یا نه.