NIGHT HEAD 2041

داستان درباره‌ی برادران کیریهارا است؛ دو برادری که از دوران کودکی به‌دلیل داشتن قدرت‌های فراطبیعی، در یک مرکز تحقیقاتی فوق‌امنیتی زندانی شده‌اند.

اما وقتی سپری که آن‌ها را در این مرکز نگه می‌داشت دچار نقص می‌شود، برادران کیریهارا موفق به فرار می‌شوند.

از طرف دیگر، داستان برادران کوروکی را نیز دنبال می‌کند؛ دو برادری که مأموریت دارند برادران کیریهارا را تعقیب کنند و آن‌ها را پیدا کنند.