سفینه فضایی یاماتو ۲۱۹۹

سال ۲۱۹۹ است. بشریت در جنگ با گامیلوس شکست سختی خورده و حملات این مهاجمان باعث شده انسان‌ها به شهرهای زیرزمینی پناه ببرند. دانشمندان تخمین می‌زنن که بشر فقط یک سال دیگه فرصت داره.

دو افسر جوان به نام‌های سوسومو کودای و دایسوکه شیما، یک کپسول مرموز از سفینه‌ای دریافت می‌کنن که به‌دلیل شرایط اضطراری روی مریخ فرود اومده بود و اون رو با خودشون به زمین برمی‌گردونن.

این کپسول حاوی آخرین امید بشریته: سیارهٔ ایسکاندار، در آن سوی کهکشان ماژلان، فناوری‌ای در اختیار داره که می‌تونه گامیلوس‌ها رو شکست بده و زمین رو دوباره به وضعیت قابل سکونت برگردونه.

سفینهٔ جنگی فضایی یاماتو مأمور انجام این وظیفه می‌شه؛ اما تنها یک سال فرصت دارن، قبل از اینکه نسل بشر برای همیشه از بین بره.